清顺治五年(1648年)三月初十日，南明桂王朱由榔(永历帝)为避清兵，自桂林逃至南宁， 并以南宁为“行在”(封建皇帝所在的地方)。七月移驻广东肇庆，以巡抚赵庆留守南宁。顺 治七年十一月初二，清兵陷广州，朱由榔仓皇西逃，于二十八日复入南宁。顺治八年九月， 清定南王孔有德自桂林出兵，攻陷柳州、梧州等地，直逼南宁。十二月初，清兵自梧州西犯 南宁。初十日，清兵陷南宁，朱由榔仓皇雇舟西避，于次年三月初六逃至云南安隆。朱由榔 离开南宁后，其将晋王李定国仍继续与清兵周旋于粤桂。顺治十二年(1655年)正月，李定国 去安隆护驾，仍留兵守卫南宁。
朱由榔驻南宁期间，其部将陈邦博之子陈曾禹与南宁巡抚赵台、横州土豪徐彪为争夺南 宁的控制权， 先后3次互相攻杀，南宁百姓遭受杀掠，城内外人烟稀少。同时，四乡大乱， “盗贼”四起。刘圩李哑(人称李哑王)屯聚在长塘对岸的逃军山，与其他地方武装李绍诲、 曾日燕等互相对抗，骚乱乡里，至康熙七年(1668年)始告平息。 莽伊图击败吴世琮
康熙十二年(1673年)，吴三桂叛清，自称周王。十七年，三桂死，其孙世璠继位。当时， 南宁、灵山一带属吴三桂势力范围。康熙十八年正月，清广西巡抚傅弘烈自衡州(衡阳)进兵 桂林，世璠的南宁守将马承荫降清。踞云南的吴世璠认为，南宁是清兵由桂入滇的孔道，遂 命部将吴世琮、马宝夺回南宁。降清守将马承荫、总兵齐人龙、灵山将军郭义等合力固守。 日久，城里粮食将尽，马承荫请求援救。清两广总督金光祖遣总兵谭升、杨国泰等赴援。吴 世琮率众渡邕江，于新村、五象岭一带的列鹿角迎战。在梧州养病的清镇南将军莽伊图闻报， 也率兵到南宁援救。七月二十三日，清军对吴军展开攻击，江宁将军额楚、护军统领额赫讷 率前锋正面攻击，莽伊图等指挥主力跟进。同时，预先遣一部兵力潜伏山后，遮断吴军退路。 结果，吴军大部被包围歼灭，吴世琮负重伤，率数十名骑兵逃跑。南宁围解。至此，清朝恢 复对广西全境的统治。 会党反清斗争
清道光三十年(1850年)，太平天国在金田起义。在此前后，邕宁也因“官府政法蔽坏”， 民族矛盾和阶级矛盾空前激化，会党林立，农民反清武装斗争此起彼伏，延续了将近20年。 这场斗争，打乱了清廷的封建统治秩序，也给当地人民的生命财产造成巨大损失。
当时县内会堂有：得胜堂、洪胜堂、连胜堂、喜胜堂(以上吴村乡)，勇胜堂(杨美乡)、 友胜堂(金陵圩上伦村)、福胜堂(那龙圩)、大胜堂(三官乡)、全胜堂、同胜堂、广胜堂、万 胜堂(以上苏朗圩)。此外，活动于邕宁境内的外地会堂有：得元堂(钦州)、聚义堂、聚胜堂、 和仪堂(永康州)、永义堂、合义堂(罗阳)、义胜堂(隆安)、四宝堂(永淳)、广义堂等。其中 较著名的会党首领有：颜品瑶、颜三、苏宁三(均三官乡人)，李青靛(五塘乡那昔村人)、孙 仁广(中和乡池黎坡人)、麻大年、麻晚、李晚、周耀大、甘大、谢大、周九、陈十、黄武映 (均吴圩人)，黄敷信(石埠乡人)、黄大(剪刀团大岭村人)。在邕宁活动的外地武装有：吴凌 云(又号长腰四，新宁州附学生员) 、吴阿忠(吴凌云子)、曾十大、鸡儿大、谢喜发(新宁州 人) 、陶八(宾州人)、张嘉祥(广东肇庆府人)、李文彩(永淳县人)、李恒芳(上思州人)、梁 昌(广东人，大成国“定北王”)、区润(梁昌党)、赖裕新(太平军石达开部将)、高脚王、周 荣宗(贵县人)等。各股武装人数，少的数十人，多的逾万人。活动地区遍及全县和周围的永 淳、灵山、钦州、武缘(武鸣)、隆安、新宁州(扶绥)、太平府(崇左)一带，远至河池。其中， 活动时间较长，影响较大的有李青靛、孙仁广、颜品瑶、麻大年等股。
道光末年，金城司那昔村李青靛组织天地会，设堂口，聚众拜台，提出“反清复明”及 “上等之人欠我钱，中等之人高枕眠，下等之人跟我走，拉只牛儿归使田”的口号，拥众数 百。之后，采用谋士王文华(永淳县廪生)、粟金来(王竹村秀才)等人的谋略，兼并东路其他 会党，扩张势力范围。用计诱杀行为残暴、民愤较大的会党头领陆树梓、周永成、滕匡智、 滕明喜等，出告示数其罪状，以收揽民心。金城司各会党渐渐慑伏，陆续归附。
咸丰七年(1857年)，李青靛攻取武缘县林圩并占领县城。咸丰九年，李青靛自称“青天 大王”，设大王府于盘古圩关帝庙。
为解决军饷，李青靛派“二王”杨际清(七塘张村廪生)在八塘设立税厂(收税卡棚)，向 过路客商收取“买路钱”；在逃军山脚下高塘、那舅的邕江滩面，收取过往船只“行水”。 凡交纳了“买路钱”及“行水”的行人船只，在其势力范围内可以安全通行，不受骚扰。
咸丰十年三月，太平军翼王石达开部将赖裕新率众2万，自上林县思陇、宾州马岭方面， 进攻由八、九塘团练据守的昆仑关，以取南宁。攻关失败，赖由思陇入武缘。四月，攻取武 缘县城，六月中旬围攻南宁，月余不拔，石部各路太平军亦相继失利。石、赖遂于七月撤兵 南宁，退军武缘，从葛圩翻越高峰山脉进入金城司。李青靛迎护。翼王厚礼结交青靛，青靛 亦为太平军筹集粮草，共议进攻八、九塘，越昆仑关，出宣化县。八月中秋，太平军联合李 青靛， 兵分3路进攻八、九塘，遭团练猛烈抵抗。双方激战数昼夜，太平军仍无进展。石达 开改变策略，着李青靛携礼物到各大村庄拜会绅耆，说明太平军此来是借路出境，决不入村 骚扰，如发生事端，唯青靛是问，任由发落。经过李青靛的斡旋，八月下旬，太平军顺利通 过八、九塘，出昆仑关，经上林、集各旗于庆远(宜山)，入贵州。
与李青靛同时隔邕江对峙的农民武装为孙仁广股。
孙仁广(1830～1866)，又名孙二大，原籍永淳县池黎村(今属邕宁中和乡)。18岁，在山 泽村开武馆，数年后，势渐大，提出“杀官留民，借富济贫”的口号，与梁安邦合伙起兵反 清。梁据永淳，称“四宝堂”；孙据山泽、小黎(南阳圩)，称“福胜堂”。
咸丰初年，永淳壮族抗捐义军首领李文彩据平朗圩，控制永淳全境。孙仁广为驱逐李文 彩，独霸一方，于咸丰五年(1855年)伪作投诚官军，助廉州府沈隶辉攻陷平朗圩。文彩走浔 州，依陈开大成军。咸丰七年，文彩与大成国定北王梁昌率大成军西上，破横州。仁广乘文 彩势弱， 与梁安邦合力击败之。 文彩远走贵州，其部属并归仁广。仁广从此独霸一方，称 “两广大元帅”。
孙仁广全盛时，其势力范围东及永淳(今横县峦城)，西至蒲庙、那莲，南达灵山太平， 北界邕江南岸。据史籍记载及地方父老传说，孙仁广统治手段残酷，声称：“人不杀人人不 富，火不烧山地不肥”。所到之处，不归附的悉行诛戮。旧地方志载：“永淳、宣化、灵山 人民遭其惨杀者以万余计”。其酷刑有凿睛、斩指、割耳、割阳具、割双乳等。或以绳穿鼻， 一牵多人，游行示众。
李青靛、孙仁广分别盘据邕江南北两岸后，都曾企图把自己势力范围向对岸扩张。同治 元年(1862年)，孙仁广渡邕江，进入石塘村，并分兵侵扰砧板团剪刀圩一带。李青靛率队将 孙逐回南岸，乘势进攻蒲庙、刘圩，与孙大战于刘圩乡杨村。孙利用有利地形伏击，李部死 200多 人，败退回北岸。
孙仁广虽败李青靛于杨村，对李未免轻视，决定北侵。同治二年，率众万余，战船20余 艘， 沿大冲江水陆并进。李迎战于九勾岭，激战3昼夜，孙的战船被打沉五、六艘，伤亡甚 众，无心恋战，退回南岸，从此划江而守。
活动于三官乡一带的农民武装主要有颜品瑶、颜品喜兄弟及潘其泰(大胜堂首领)等。
颜品瑶， 三官乡那曲村人， 于道光末年聚众逾万，活动于邕钦灵边界。道光二十九年 (1849年) 冬及三十年四月，颜先后攻陷灵山下宁练那敏村(今属百济乡)及中宁练佃往坡(今 属那楼乡)，杀80余人，三宁(今百济、新江、那楼等乡)为之骚动。咸丰元年(1851年)正月， 颜率众攻陷隆安，侵扰新宁(今扶绥)，返兵驻杨美圩，伺机攻南宁。广西布政使劳崇光派张 嘉祥 (广东肇庆府人，曾加入太平军，后叛变降清，改名张国梁。因镇压农民起义军有功， 官至江南提督) 攻打颜，张不胜，暗中勾结颜的部下李三，杀死颜品瑶。品瑶死，其弟品喜 率潘其泰、苏宁三、苏宁二等占钦州新铺、那勤。咸丰二年，左江道总兵庆惠会同广东官军 进剿， 先攻陷那勤村，烧、杀死颜部400余人，颜品喜逃奔新铺。潘其泰暗通清军，开闸门 引清军进入新铺，杀品喜及其部700多人，俘400多。苏宁三、宁二及余部逃脱至那谷村，全 部被歼。潘其泰因“反正擒贼”有功，补把总职，赏戴花翎。
活动于吴村、苏圩一带的农民武装，多数于起事不久即被官军镇压，坚持时间较长的有 朱亚易和麻大年。朱亚易于同治二年(1863年)五月，在进入归顺州(今靖西)途中，被总兵庆 惠截杀。麻大年自道光末年聚众数千，活动于吴圩、苏圩、那马、三官一带40余村，时间长 达10余年。
同治四年(1865年)，广西巡抚张凯嵩镇压贵县黄鼎凤后，挥兵南下，于同年十二月捕杀 麻大年于吴圩石崖。同时，对宣化县仅余的两股农民武装李青靛、孙仁广进行诱降。孙仁广 不理，李青靛则向统领刘培一投降。同治五年八月，张凯嵩集中兵力围攻孙仁广盘据的山泽 村，并亲自督战。孙据守各隘口顽强抵抗，但官军势大，孙势衰力竭，请降，不允。孙遂与 悍将李亚得突围转移南阳乡小莫村。官军攻破山泽，俘仁广父及部众数十人，即分兵进攻小 莫村。孙仁广退进内栅谯楼抵抗，官军久攻不下。时李青靛刚投降，欲立功赎罪，带队冒死 进攻，向栅寨投掷炸药，孙部死伤惨重。李攻破栅寨后，捉到孙仁广及其亲党数百人，全部 杀掉。时为九月初二。李青靛因破小莫村、擒孙仁广有功，被授为游击。
同治六年， 广西会党活动基本被全部镇压。李青靛和原部300余人，随刘培一返回桂林 任所。同年，清廷以“仇家控告，功难掩罪”为由，将李青靛及所部全部杀于桂林东圩，仅 有3人幸免，逃回那昔村。
咸丰、同治年间的农民反清武装斗争被镇压30年后，邕宁又掀起一次会党反清高潮。
光绪二十五年(1899年) 前后，县内各地会党蜂起，活动在五塘乡一带的有：王和顺(今 南宁市郊二塘那造村人)、江云祥(四塘乡人)、滕正宜、滕举明、滕云高(五塘乡六塘团人)、 张特盛(五塘乡八塘团人) 、韦庆龄(七塘团人)、覃子珍、覃阿贵、谢富兴、陆立宜(均五塘 乡人) ，蒙特大、陆耀明、陆四年、李培祥(均四塘乡人)等。活动于三官、那马一带的有： 庞六、庞三、陈十、黄培兰、黄有才(均那马乡人)、陆国楼、张世昌(三官乡人)等。活动于 蒲庙、刘圩的有罗扫四(即罗万起，蒲津乡罗扫坡人) 。还有牛皮四(吴圩乡人)、唐弟(亭子 乡苏盆村人)、侯五、班四(东门乡长罡村人)、雷八(津头村人)、黄五肥(永淳人)、李八(广 东灵山人)、闭运培(隆安人)等。
为了加强镇压农民起义的武装力量，南宁知府惠荣招募乡勇，设仁、智二营，并设筹饷 局，抽收赌捐，以筹集军饷。县设团防局，乡设分局，由地方绅士任团事，大力开展清乡， 以分化会党组织。在军事上，进行残酷的围剿，烧杀抢掠，残害无辜百姓。如：惠荣把搜剿 会党掳获耕牛数万头全部称为“匪牛”而充公，送到他办的门头农场，供农场役用及出卖充 当军饷。光绪二十七年九月，知县周颂声率官军百余，围剿潭洛乡襄定团白山村附近山洞的 会党李八股，被打死勇丁数人。周向惠荣谎报有大股会党。次日，惠荣领兵增援，会党闻讯 远遁。惠荣以“通匪”为名，洗劫白山村，用炮火击毙男女村民72人，擒杀64人，拉去妇女 127人，烧房屋107间，牲畜财物被抢劫殆尽。
光绪二十八年四月，左江镇总兵马盛治，根据被捕会党士卒的口供，出兵包围向义团三 岸村，捕杀会党70多人，另70多名被以“匪嫌”罪送县城，准备处死。该村贡生滕兆熊 (70 多岁) 认为不应枉杀无辜，赴案代为鸣冤。马称滕有意包庇“匪徒”，将滕一并处死。马盛 治洗剿三岸村后，又进入那舅、那平，直达五塘追剿，10余天内，杀人以千百计，被人称为 “屠伯”。六月，马在率队返回隆安途中，在隆安属马鞍村被会党王和顺、黄五肥部伏兵击 毙。
光绪二十九年正月，左江道总兵潘瀛、道员何昭然知会党集中在九塘一带过年，遂督率 安勇、虎勇、威字等营勇驰赴九塘合剿。会党发觉，预先逃避，官军只在那农、那里、那昔 等村捕杀党众10余人。不久，张特盛、罗扫四等股在牛湾劫官军巡船，杀死官员。三月，覃 子珍等在七塘驿埋伏，截杀镇南营管带何某，又拦劫虎勇营饷械，消灭官军一个小队。
由于潘、 何征剿无功，两广总督岑春煊奏调广东钦廉督办潘培楷率绥远军4个营2000人 来邕督剿。决定首先堵绝会党逃跑的路线，然后进兵搜剿。于是，扼守伶俐、长塘、砧板、 剪刀各处邕江主要渡口，以防会党向南岸偷渡；命虎勇营入武缘，分布在葛圩、林圩、米花 坪一带，阻止会党向北逃窜；命知府李宗道驻五塘为中路策应。三月二十一日，在武缘、宣 化边境的三岑坳与大股会党遭遇，适有大雾，官军抢先据险埋伏。午后雾霁，会党拼命突围， 被杀10余人，会党首领滕继升被俘。二十四日，滕正宜股逃回五塘郭湴村，村人关闸不纳， 并报告官军。驻在沙坪圩的绥远军管带黄秀瑞闻报，追击于湴塘村，杀会党10余人，俘2人。 各股会党被官军追击甚急，被迫分散各村躲藏。原来归附会党的村庄，见官军势大，纷纷叛 变， 捉拿江云祥、李特正、李特明等9个会党首领向官军投诚。李宗道将滕继升、江云祥、 李特正等3人释放， 命他们做招降工作，其余全部杀掉。四月十五日，江云祥招出覃子珍、 张特盛、 覃阿贤、陆立宜、蒙阿大、陈耀明、陆四年、滕举明、滕大脚二等200多人，在五 塘缴械投降。七月，左江道余诚格将投降会党调到隆安，全部杀害。七月十四日，于上一年 投降的李八、唐弟两股，被余用计，分别就歼于四塘和南宁。从此，会党斗争转入低潮。
光绪三十年春，余诚格会同署理左江镇的广西提督丁槐，率领大部队从红水河上游围攻 会党根据地，命令各军分驻思恩、武缘、上林、泗城、百色、隆安各要隘，而于邕江上下游 遍布官军，互为策应。又勒令民船渔艇在定期内不得停泊北岸，截断会党向南逃入十万大山 的通道。此时，会党经过多次激战，根据地已尽失，加上粮食困难，内部分化，被各个击破。 黄五肥、闭运培、滕正宜等先后战死，王和顺远走南洋。在柳州方面据守四十八山弄和五十 二峒的陆亚发(邕宁大塘人)起义军，亦被龙济光、陆荣廷各部清军以优势兵力围剿而失败， 陆亚发被俘遇害。至此，这场轰轰烈烈的反清农民起义，终于被血腥地镇压下去。为镇压这 场农民起义，自光绪二十八年至三十年(1902～1904年) 的3年间，广西督抚及左江镇、道数 易其人，调动了湖南、湖北、安徽、云南、贵州、广东、广西7省18万大军，耗饷银380余万 两。
黎履芳起义
黎履芳，又名富德，百济乡那蒌村人。光绪二十二年(1896年)，加入灵山县人李九、江 三才和谢元来到百济组织的三点会(又名三合会)，成为百济、那礼一带三点会首领。二十三 年，黎倡言“反清复明，斩官留民，借富救贫”，宣布起义，计划与灵山及桂西南各地会党 联合，进攻南宁。
光绪二十四年春，廉州知府刘齐浔派合浦知县邓倬堂率官兵团练驻板莫村，灵山知县叶 士模督兵练驻屯宁村，广东边防督办潘培楷率绥远军数营，共三四千人，准备对那蒌村分进 合击。 那蒌起义军为抗击清军，设了三道防线：在村外围的制高点设4个寨垒，为第一道防 线；在村边周围以松树、荆棘设鹿角砦，为第二道防线；在鹿角砦内筑土墙作第三道防线。 战前，将村内老幼病弱群众全部疏散，留下18岁以上青壮男女参加战斗。钦州小董义军张十 二的支援队伍，驻那洞村，互为犄角。二月，清军首次进攻失败。三月初八，清军第二次进 攻，仍被打退。四月十二日，清军集中兵力，大举进犯，战斗空前激烈。第一道防线失陷后， 义军退到第二、三道防线，女战士在围墙内巡逻，阻击越墙的敌人。男的待敌人接近墙寨， 便从墙内撑竿跳出墙外，与敌肉搏，使清军无法发挥枪炮火力优势。当日首仗，杀死清兵10 名，缴获九响长枪4支，大旗一面及一批弹药。
义军为鼓舞士气，将缴获的清军大旗插在村内最高点。清军押阵军官乘机指着村内山顶 大旗，诡称前锋已攻进村内，下令全队快速挺进，势如潮涌。此时，义军已连续作战十余小 时，弹尽援绝，那蒌村终于当天下午被攻破。义军首领黎履芳、李九、江三才、谢元来等均 突围脱险。但黎履芳逃到新江屯杨坡后，被叛徒出卖，遭清军杀害。
清军及练勇攻入那萎村后，大肆掳掠，义军伤员和未及疏散的妇女儿童全部被害，全村 被夷为平地。所有田地充公，拨作三凝书院学田。事后，那洞村亦被烧抢。
