该论文分析可以提供证据表明，新冠病毒不是人工合成的。
关于新冠病毒“人工合成”阴谋论的最“硬核”反驳来了！
2月18日，Scripps研究所的著名病毒进化学家Kristian Andersen在preprint（预印本）的virological.org上发文反驳新冠病毒“人工合成”阴谋论。
作者通过对可用基因组序列数据的比较分析推导出新冠病毒的起源和早期进化方法，并提供了有关新冠病毒基因组中显著特征的观点，基于此讨论可能出现这些特征的场景要求。
最重要的是，该论文分析可以提供证据表明，新冠病毒不是人工合成的。
反驳新冠病毒是人工合成阴谋论的证据
首先论文对图中描述的α和β冠状病毒（Coronaviridae家族）的基因组进行了比较，以此确定新冠病毒基因组所具有的两个明显特征：
1、基于结构模型和早期生化实验可知，新冠病毒针对的是人与ACE2（宿主细胞受体血管紧张素转化酶2）受体结合；
2、新冠病毒在S蛋白的2个亚基S1/S2交界处有一个预测的多碱基切割位点。
因此Andersen先从SARS-CoV与ACE2结合最重要的RBD（受体结合结构域）的6个氨基酸残基，Y442、L4772、N479、D480、T487、Y4911入手。
他发现：新冠病毒的相应残基为L455、F486、S494、N501、Y505，与蝙蝠冠状病毒RaTG13相比，有5个不同。新冠病毒S蛋白中第486位残基的苯丙氨酸（F）对应于SARS-CoV Urbani株中的L472，但F486并不是计算生物学预测时该位置点最优化的氨基酸选择。
并且，新冠病毒的RBD中几个关键氨基酸残基与计算生物学预测的最适合结合人ACE2受体的氨基酸残基也完全不同。
所以Andersen认为，从新冠病毒S蛋白结构特征来看，新冠病毒并非是通过算法所预测最优化的，而更像是自然选择的。
其次，新冠病毒第2个明显的特征是在S蛋白的2个亚基S1/S2交界处Furin蛋白酶切割位点（RRAR），除了两个碱性精氨酸和一个切割位点的丙氨酸之外，还插入了一个脯氨酸。
脯氨酸插入产生的转角结构导致Furin蛋白酶切割位点侧翼的S673、T678、S686发生添加O末端糖基化，而以前的β冠状病毒均无Furin蛋白酶切割位点。
从SARS-CoV的体外实验中可知，在S1/S2交界处突变出这样的位点，可以增强细胞-细胞融合，但并不影响病毒进入。另外3个预测的O末端糖基化潜在功能还不清楚，但值得一提的是，它们可以产生一个“黏蛋白样结构域”，该结构域可以屏蔽新冠病毒S蛋白上的潜在表位或者关键残基。
但新冠病毒在体外培养体系中连续传代极难同时获得Furin蛋白酶切割位点和O末端糖基化。
第三个论据是病毒的宿主。新冠病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13非常相似，所以蝙蝠是新冠病毒的宿主可能性很大。目前初步分析表明，非法进口到广东的马来穿山甲可能是新冠病毒的中间宿主。
马来穿山甲的冠状病毒在6个关键RBD残基上都与新冠病毒相同，但不同的是，马来穿山甲的冠状病毒不具有Furin蛋白酶切割位点，这意味着新冠病毒可能存在其他中间宿主，病毒在这些宿主身上形成了Furin蛋白酶切割位点，然后才传播给了人。
而病毒要在中间宿主身上实现这种进化的话，新冠病毒的中间动物宿主必然具有极高的密度，这样自然选择才能快速发生。
因此从新冠病毒的S蛋白结构特征、早期进化以及人工合成所具备的条件等方面来看，新冠病毒是自然的选择，而不是合成的。
关于新冠病毒为“人工合成”的种种阴谋论
自疫情爆发以来，有关新冠病毒是“人工合成”的论调层出不穷。
最早有人扒出曾与2015年发表在Nature上的一篇论文，并以此为据，称新冠病毒是人为制造的。
那么这个论文的内容是什么呢？
其实该论文阐述的是研究人员用SARS-CoV反向遗传系统，生成并鉴定了一种类似SARS新型冠状嵌合病毒。
在体内实验中证明，嵌合病毒在小鼠肺中的复制具有明显的发病机理，能够感染小鼠呼吸道细胞并引发严重急性呼吸系统综合征。这项研究可以表明，蝙蝠种群中流行的病毒，可能会再次导致像SARS那样的传播风险。
该研究由美国北卡罗莱纳大学教堂分校主导，石正丽是该论文的作者之一，而她现在担任中科院武汉病毒所研究员，于是这一巧合之下，不少阴谋论开始滋生。
“疫情源头是实验室病毒泄露”、“病毒是美国人制造的”等传言，流传于网络上，这篇论文成为了这类谣言的论据。
与此同时，不甘寂寞的印度也搞出了一个“大新闻”。
印度德里大学和印度理工学院的研究人员在bioRxiv的预印本上发表了一篇论文称：“在新冠病毒突刺蛋白中发现4个插入序列，其与HIV-1gp120和Gag高度相似，而这4个插入序列均为新冠病毒独有，在其他冠状病毒中不存在。”
该论文将新冠病毒与引发“非典”疫情的类似冠状病毒的基因组进行了对比，分析了二者存在差异的地方，然而发现了与艾滋病毒的关联。论文摘要中写道：4个独特的插入序列都与HIV-1关键结构蛋白中的氨基酸残基具有同一性，这在自然界中不太可能是偶然的。
需要强调的是：bioRxiv网站不是学术期刊，在这上面刊登的论文，无需经过同行审阅，可由学者自行刊发。
这篇论文发表后遭到了学术界强烈质疑。
美国弗雷德·哈钦森癌症研究中心研究员、全球联合分析新冠病毒基因组项目的领导者之一的特雷弗·贝德福德就表示，“该论文不该发表。”因为从新冠病毒的基因上来看，根本没有基因工程的证据，病毒变异完全符合自然进化规律。
贝德福德还指出，该论文得出的结论在很多层面上都是错误的，所谓的4个插入序列并不是独一无二的，它们也不是插入的，而是天然的。
最终这篇未经审稿的论文以撤稿结束。
如今在Andersen的这篇论文发布后，众多国际著名病毒学家纷纷转载这篇文章并支持驳斥了新冠病毒人工合成阴谋论。在科学的强有力证明下，一些在社交媒体上推崇新冠病毒人工合成论的人被疯狂“打脸”后，删除了他们的阴谋论。
